1939年9月，希特勒入侵波蘭，第二次世界大戰(zhàn)爆發(fā)。之后在1940年5月，德軍入侵了威廉二世避難的荷蘭，當時英國首相丘吉爾邀請威廉二世去英國避難，但是遭到了威廉的拒絕，他不想在曾經的對手的庇護下生活。

據(jù)說德國陸軍占領荷蘭后曾專門派出一隊儀仗隊駐扎在威廉二世的住宅附近，但是希特勒聽說陸軍的這一舉動后，大發(fā)雷霆，下令撤出了這支儀仗隊，并下令所有德國士兵不允許進入威廉二世的居住地。

1940年6月5日，威廉二世因肺栓塞發(fā)作在荷蘭的多倫病逝，被葬于多倫莊園。臨死前，這位倔強的老皇帝留下了兩條遺言：一是他死后的葬禮上不許出現(xiàn)納粹的標志，另一條是在王朝復辟前他的遺體不運回德國。

關于第二個要求，威廉二世滿足了，因為至今他的遺體還安葬在荷蘭。但是第一個要求就沒有被滿足，因為當時他的葬禮來了許多德意志帝國時期的德軍將領。由于希特勒和戈培爾有意使他的死不引起注意，威廉二世去世在德國沒有“幾乎沒有引起人們的注意”。