瑪麗試圖在貴族中重新尋找支持。他們中的一部分就是在伯斯維爾曾經(jīng)籠絡(luò)過簽署了埃斯里客棧聯(lián)合聲明，支持他迎娶瑪麗的貴族。

1567年4月24日，瑪麗最后一次在斯特靈探視了她的兒子。在她返回愛丁堡的路上她宣稱自己遭到了“綁架”。無論是否出于瑪麗的自愿，當(dāng)博斯維爾和他的手下將她帶回鄧巴城堡時，據(jù)說她被博斯維爾伯爵強奸了，但其實在更早于達恩利身亡之前，她就已懷上博斯維爾的小孩。

5月6日，他們返回到愛丁堡，5月15日，在圣十字架宮，瑪麗和博斯維爾伯爵舉行了新教儀式的婚禮。然后這段婚姻并不圓滿，瑪麗在婚后兩天就喊著要一把刀來自殺，同時她也被懷疑她的臣民們視為淫婦。

貴族們都轉(zhuǎn)而反對瑪麗和博斯維爾伯爵并起兵反叛。6月15日瑪麗和博斯維爾伯爵不得不退到卡伯里山上對抗貴族軍隊。戰(zhàn)斗沒有打響，瑪麗以釋放博斯維爾伯爵的條件下答應(yīng)了貴族的要求。

但是貴族們沒有信守他們的承諾并將她帶到愛丁堡囚禁在列文湖城堡，這個城堡坐落在列文湖中央小島上。從1567年7月18日到24日，瑪麗懷的一對雙胞胎在城堡里流產(chǎn)了。7月24日，她被迫退位并將王位傳給只有一歲大的詹姆士。

四、亡命英格蘭

1568年5月2日，瑪麗從列文湖逃脫并再一次成功地招募了一支規(guī)模不大的軍隊。當(dāng)她的軍隊于5月13日在蘭塞德戰(zhàn)役被擊敗后，三天之后瑪麗逃往英格蘭。