1942年5月以身體多病，不適應劇烈的戰(zhàn)爭活動為由，推薦弟子華西列夫斯基接任總參謀長，改任副國防人民委員養(yǎng)病。1943年6月—1945年任總參軍事學院院長。1945年3月26日病逝。

如何評價沙波什尼科夫？

他諳熟馬克思列寧主義的研究方法，具有豐富的司令部工作和指揮部隊的實踐經驗，對蘇聯(lián)武裝力量建設的理論和實踐，對鞏固和完善武裝力量及培養(yǎng)軍事干部，做出了重大貢獻。

在發(fā)展蘇聯(lián)軍事科學和總結國內戰(zhàn)爭的作戰(zhàn)經驗方面，進行了大量的、卓有成效的工作。他參加了條令制定委員會的工作，這些條令反映了蘇聯(lián)軍事理論的基本原則。

他在《軍隊的大腦》這部具有重大價值的著作中，闡述了關于未來戰(zhàn)爭性質的基本觀點，深刻揭示了指導現(xiàn)代化戰(zhàn)爭的特征，提供了作為最高統(tǒng)帥部指揮武裝力量機關的總參謀部的作用、職能和機構的廣泛知識。衛(wèi)國戰(zhàn)爭年代總參謀部的活動，證明了這部著作中所提出的基本思想和觀點的正確性。