除了排座問題還有就是國(guó)旗的排位問題，他發(fā)現(xiàn)中國(guó)國(guó)旗并沒有排在首位而是美國(guó)，毫不猶豫地再次抗議，并舉出大量我國(guó)遭受損失和我們所作出努力的數(shù)據(jù)證明我們排在第一位的合理性，最后美國(guó)選擇了妥協(xié)，這個(gè)歷史瞬間我們應(yīng)該銘記，因?yàn)檫@是1840年后中國(guó)國(guó)旗第一次在各列強(qiáng)國(guó)中排在首位，捍衛(wèi)了祖國(guó)的尊嚴(yán)。

1946年5月3日正式開庭，此次審判一直持續(xù)了兩年半的時(shí)間，梅汝璈做了大量的工作并把“南京大屠殺”單獨(dú)拿出來作為一個(gè)審判單元。他認(rèn)為日本對(duì)中國(guó)的侵略應(yīng)該是從1874年侵略臺(tái)灣開始算起，這近百年的時(shí)間里中國(guó)所受的迫害和損失最大，所以關(guān)于中國(guó)部分的判決書應(yīng)該獨(dú)立出來由我們自己起草，他和助手楊壽林一共寫下了近10萬字的判決書，工作量之大難以想象。

審判中，有關(guān)戰(zhàn)犯是否被判死刑上各國(guó)法官出現(xiàn)分歧，因?yàn)檫@是國(guó)際事務(wù)，各國(guó)的法律標(biāo)準(zhǔn)都不一樣，也都各執(zhí)己見，有同意的也有反對(duì)的，印度的法官甚至想要釋放戰(zhàn)犯。最后投票表決前，梅汝璈站起來說：土肥原賢二等甲級(jí)戰(zhàn)犯每個(gè)人的手上沾滿了中國(guó)人的鮮血，如果不能嚴(yán)懲他們，自己將沒有臉面見自己的國(guó)人，顏面問題是小，但幾千萬同胞的生命是大。

投票后以6:5的的微弱優(yōu)勢(shì)勝出，最后決議對(duì)7個(gè)甲級(jí)戰(zhàn)犯處以絞刑。之后日本提出申請(qǐng)要重新審判但被盟軍總部駁回，于是又向美國(guó)的最高法院進(jìn)行申訴，美國(guó)竟然受理了上訴，梅汝璈為代表的法官團(tuán)認(rèn)為美國(guó)沒有權(quán)利受理此案，因?yàn)檫@是國(guó)際軍事法庭做出的判決而不能是一個(gè)國(guó)家進(jìn)行審理的，在他們的壓力下美國(guó)最終也駁回了申請(qǐng)。