此外，內(nèi)閣無法控制它的軍事成員，因為它的統(tǒng)合能力很弱，另外陸軍和海軍大臣在內(nèi)閣的地位獨特——享有單獨輔弼天皇的獨立權限。海軍既擔心陸軍會控制大本營，又害怕削弱自己獨立的“統(tǒng)帥權”，在它的竭力主張下，首相和文職官員被排除在大本營之外。裕仁批準了這種設置，但是這種設置降低了效率，在整個戰(zhàn)爭過程中，妨礙了與文職機構的情報交換和協(xié)調(diào)。

大本營的設置，也使裕仁體會到作為一個積極能動的大元帥在行使權力時變得容易了，而這是他的祖父明治天皇也未做到的事情。天皇的最高命令，被稱為大本營陸軍令(大陸命)和大本營海軍令(大海令)，在直接傳達給各方面軍司令官、軍司令官、經(jīng)常還有師團長和艦隊司令官的過程中，參謀總長和軍令部長起的是“傳聲筒”的作用。

實際上，天皇不可能對大本營的所有命令都進行詳細檢查，但是對于這些命令的最高類型——天皇的最高統(tǒng)帥命令，在統(tǒng)帥部準備傳達之前，都要受到裕仁的仔細檢查。

　　統(tǒng)帥部長根據(jù)大陸命和大海令發(fā)布的較為重要的命令和指示亦是如此。首先是陸軍和海軍的作戰(zhàn)課起草命令，部課長進行修改，然后沿著指揮系統(tǒng)傳到次長和總長處，最后，在命令發(fā)布之前提交給天皇取得他的許可。就這樣，裕仁不但作為一種力量推動了日本整個戰(zhàn)爭體制，而且作為可以自由行動的個人，仔細地審查和批準了實行侵略戰(zhàn)爭的政策、戰(zhàn)略和命令，因此，天皇的責任是巨大的。

裕仁與大本營之間通過調(diào)查問題、告誡以及向統(tǒng)帥部和陸海軍大臣認真重復他的指示和質詢的方式相互作用。此外，他還學會了如何利用他的地位不斷地向他們施加心理壓力。平時，他行事溫和，可以說更像喬治·C·馬歇爾的禮貌儀態(tài)，而不像喬治·S·巴頓的風格。然而，他的“質詢”相當于命令不能無視。