蘇方認為包括齒舞、色丹在內的千島群島和南庫頁島是根據(jù)雅爾塔協(xié)定取得并在波茨坦公告中也被確認，日本又在舊金山條約中已放棄，所以日蘇間領土問題已解決完畢。但在會談中前蘇聯(lián)表示在一定條件下齒舞、色丹兩島可以還給日本。日方則認為，舊金山條約中雖然規(guī)定日本放棄南庫頁島和千島群島，但這并不等于立即承認它為前蘇聯(lián)領土。

日本要求歸還齒舞、色丹，同時主張擇捉、國后是日本固有領土，不包含在舊金山條約中規(guī)定的放棄之范圍，要求歸還。還主張把南庫頁島和北千島歸屬問題應將由有關國家召開國際會議來決定。對此前蘇聯(lián)采取強硬態(tài)度，談判陷入困境。加之馬立克奉命將以聯(lián)合國總部蘇方隨員身份赴紐約，松本也“奉本國政府訓令回國”。所以，第一階段談判于9月13日第15次會議后就結束。

1956年1月至3月為談判的第二階段。1955年11月日本自由黨和民主黨合并成立自由民主黨，并成為執(zhí)政黨。自民黨內鳩山首相對日蘇談判持積極態(tài)度，重光外相持慎重態(tài)度，黨內原自由黨派系中的很多人采取消極和反對態(tài)度。從1956年1月17日起第二階段談判開始以來，對和平條約草案進行逐條審議。

但領土問題上雙方意見仍對立，未能取得進展。3月20日第23次會談后，進入無限期休會階段。翌日，前蘇聯(lián)發(fā)表了為保護漁業(yè)資源限制北洋的鮭魚、鱒魚捕獲量的決定。這實際上是蘇方為再度舉行日蘇談判而對日方施加的壓力。

4月29日，日本派河野一郎農相去莫斯科與前蘇聯(lián)漁業(yè)部長伊仕科夫進行漁業(yè)談判。5月15日簽訂了日蘇漁業(yè)條約、海難救助協(xié)定以及1956年度出海捕魚臨時措施協(xié)定。聯(lián)合公報中提到漁業(yè)條約和海難救助協(xié)定是自日蘇間恢復外交關系之日起同時生效。河野和伊仕科夫同意為了迅速實施“條約”和“協(xié)定”，在7月31日以前恢復日蘇關系正?；恼勁小?