隨后英格蘭經(jīng)過了一段時期的混亂，蘇格蘭長老會教派慢慢崛起，成為英格蘭清教徒的主要對手。1648年8月，經(jīng)過三天三夜的大戰(zhàn)之后，克倫威爾取得了普雷斯頓盆地戰(zhàn)役的勝利，宣告第二次內(nèi)戰(zhàn)結(jié)束。他還占領(lǐng)了愛丁堡。與此同時，克倫威爾的士兵厭倦了無聊的宗教討論，也不愿把時間浪費在這件事上，于是，他們決定根據(jù)自己的意愿采取行動。

他們把所有不同意清教徒觀點的議員都趕出國會，留下來的舊國會議員組成了“尾閭”議會，他們以叛國罪對國王進行起訴。上議院不愿擔(dān)任審判員，于是清教徒們臨時組建了一個特別審判團，判處國王死刑。1649年1月30日，查理一世從白廳的一扇窗戶走出，平靜地邁上了斷頭臺。那一天，通過選舉出的代表，人民第一次把一位沒能認清自己在這個現(xiàn)代國家中地位的統(tǒng)治者推上了斷頭臺。

查理死后的那段時期，通常被稱為克倫威爾時期。一開始，克倫威爾只是英格蘭名義上的獨裁者。1653年，他正式被選為護國主。在他統(tǒng)治英格蘭的5年時間里，他繼續(xù)推行伊麗莎白的政策。于是，西班牙再一次成為英格蘭的勁敵，而是否與西班牙人開戰(zhàn)則變成一個全國性的嚴肅議題。