后醍醐天皇命新田義貞前往征討，義貞在箱根竹之下之戰(zhàn)中敗北，尊氏迫近京都。但隨后楠木正成、北畠顯家在京都擊破尊氏，尊氏逃往九州島。翌年足利尊氏在九州站穩(wěn)了腳跟，得到了光嚴(yán)上皇的院宣，再次迫近京都。

楠木正成建議同足利尊氏談判，同時(shí)遷都以疲敵軍，但被后醍醐天皇拒絕了。新田義貞、楠木正成一起討伐尊氏，在湊川之戰(zhàn)中戰(zhàn)敗，正成戰(zhàn)死，義貞逃回京都。

醍醐天皇是怎么死的？

足利軍入京后，后醍醐天皇逃往比睿山抵抗。足利尊氏建議達(dá)成和解，后醍醐天皇將三神器交出。尊氏讓光嚴(yán)上皇開(kāi)設(shè)院政，并由持明院統(tǒng)的光明天皇即位，制定建武式目，開(kāi)設(shè)室町幕府。

后醍醐天皇從幽禁地花山院中逃出，聲稱交給足利尊氏的三神器是贗品，自己本人逃到了大和國(guó)的吉野（今奈良縣吉野郡吉野町），開(kāi)設(shè)南朝朝廷，從此開(kāi)始了日本的南北朝時(shí)代。

后醍醐天皇讓新田義貞奉尊良親王和恒良親王前往北陸；懷良親王為征西將軍，前往九州；宗良親王前往東國(guó)；義良親王前往陸奧。向各地送出皇子鎮(zhèn)守，與北朝和室町幕府對(duì)抗。

延元四年/歷應(yīng)二年（1339年）八月十五，后醍醐天皇讓位給了回到吉野的義良親王（后村上天皇），翌日遺言“討滅朝敵、奪回京都”，在吉野的金輪王寺駕崩，享年52歲（滿50歲）。