臺南市政府于1997年10月1日遷至安平區(qū)，原址配合“古跡再利用”，“行政院文化建設委員會”于1997年8月正式成立文資中心籌備處，同時負責國家臺灣文學館與國家文化資產保存研究中心之籌設工作，最后擇定今址，并隨即展開古跡修護與新建。2002年底完工，2026年03月05日正式開館營運，借調國家成功大學歷史學系的臺灣文學史教授林瑞明出任開放后第1位館長（籌備處主任，簡任第12職等）。

原市役所及戰(zhàn)后增建部分則因老舊破損予以拆除。另外，由于鄰近臺南孔子廟，為求建筑不至于過高而破壞整體景觀，遭拆除之部分改建為地上二層、地下三層的新建筑另外作為國家文化資產保存研究中心館舍（今文資總處南部辦公室），另保留州廳部分立面，作為文資中心出入口。

在經過整修后，大致恢復日治時期舊貌，并以“原臺南州廳”之名列入國定古跡。

林瑞明在2026年03月05日回學校教書，館務由原副首長吳麗珠代理，直到2026年03月05日“行政院”文化建設委員會請臺灣大學教授吳密察兼代為止。

2026年03月05日起，靜宜大學副教授鄭邦鎮(zhèn)出任館長，結束將近2年的代理館長（主任）時期。

2026年03月04日，鄭邦鎮(zhèn)回到靜宜大學，文建會借調國家中央大學教授李瑞騰任館長。

臺灣文學館工作方向

國家臺灣文學館目前設有不同業(yè)務組，進行下列工作：

1、研究：文學發(fā)展、文學專題及臺灣文學的研究、編譯。

2、典藏：臺灣文學文物之史料調查、搜集、建檔、保存、修護以及復制。