1995年，被認(rèn)為是GHIBLI的實(shí)驗(yàn)劇場的《OnYourMark》、由恰克與飛鳥的歌曲制作的短篇作品在“SuperBest3”放映。講述了在被放射能污染的世界，兩個(gè)青年把有翅膀的少女送上藍(lán)天的故事。但宮崎駿想要表現(xiàn)的并不是“拯救”，而是“自己的希望”，這是最能觸動(dòng)人心的東西。

2001年，《千與千尋》上映。該作再次拿下總票房第一，超過300億日元的票房創(chuàng)造了歷史。而此時(shí)，日本動(dòng)畫的年度經(jīng)濟(jì)總額才5000億日元，而一般年度票房首位的作品往往不到30億。強(qiáng)大的宣傳攻勢，甚至動(dòng)用到了首相來為首映捧場。宮崎駿的成功開始得到國際的承認(rèn)，作品得到奧斯卡、威尼斯、柏林等國際電影獎(jiǎng)項(xiàng)。

2002年新手接手的《貓的報(bào)恩》的票房的不如意，讓宮崎導(dǎo)演再次出手。2004年《哈爾的移動(dòng)城堡》的票房估計(jì)接近《幽靈公主》，但無法達(dá)到千與千尋的程度。2008年《懸崖上的金魚公主》上映，獲得廣大好評。故事圍繞一個(gè)5歲的男孩宗介與想要成為人類的金魚公主“波妞”，宮崎駿說這個(gè)想法是從丹麥作家安徒生的著名童話故事《美人魚》中得到的靈感。經(jīng)過種種世事之后，他在全球動(dòng)畫界無可替代的地位再一次得到了肯定和承認(rèn)。

2025年7月，宣布復(fù)出?！凹妨ぷ魇摇弊C實(shí)宮崎駿在制作短篇?jiǎng)赢嫛睹x波蘿》。宮崎駿會在日本沖繩島打造一座生態(tài)體驗(yàn)館，預(yù)計(jì)于2025年4月開工，2025年完工。2025年10月，宮崎駿的復(fù)出之作《你想活出怎樣的人生》正式曝光。

2026年03月04日，第70屆威尼斯國際電影節(jié)主競賽單元入圍影片《起風(fēng)了》在麗都島舉行了首映儀式，該片配音演員瀧本美織以及宮崎駿吉卜力工作室主席星野康二出席了新聞發(fā)布會，導(dǎo)演宮崎駿先生因?yàn)樯眢w抱恙，并未親自出席。