1929年國民黨政府一度擬決議取消中醫(yī)，中醫(yī)生存發(fā)發(fā)可危。施今墨遂聯合同業(yè)，成立中醫(yī)工會，組織華北中醫(yī)請愿團，數次赴南京請愿，以求力挽狂瀾。

此時正值汪精衛(wèi)主持行政院，其岳母適患痢疾，遍請西醫(yī)未見奏效，危在旦夕。無奈之下，根據他人建議，汪精衛(wèi)就請施令墨試診。施今墨憑脈診斷病情，每言必中，令汪精衛(wèi)岳母心悅誠服。后為她開據處方，并囑“安心服藥，一診可愈，不必復診?！焙髶颂幏絻H服藥數劑，病即痊愈。

汪精衛(wèi)由此信服了中醫(yī)之神驗。并給施今墨題“美意延年”字匾相送。由此也撤消了取消中醫(yī)的議案，并批準在南京設立了中央國立中醫(yī)館，任命施今墨為副館長。

1930年楊虎城將軍患病西安，施今墨又出診千里，藥到病除，載譽而歸。從此其名聲更加大震。1935年，國民黨政府頒布了中醫(yī)條例，規(guī)定對所有中醫(yī)實行考核立案。

于是在北京進行第一次中醫(yī)考核時，當局挑選了醫(yī)術精湛、頗負盛名的施今墨、汪松春、肖龍友、孔伯華四人作為主考官，負責試題命題與閱卷。從此他們四人即有了“中國四大名醫(yī)”之譽稱。

施今墨對中醫(yī)理論有很深的造詣，他認為，辯證施治，是中醫(yī)特長。但傳統理論中的八綱辯證并不完善，氣血是人體的基礎，氣血辯證應補充到八綱辯證之中。提出了“陰陽應為總綱，表里、虛實、寒熱、氣血為余辯證時之八綱?！庇芍畬χ嗅t(yī)基本理論有了創(chuàng)新性的發(fā)展。

他還把兵法用于醫(yī)療實踐，指出，“臨床如臨陣，用藥如用兵，必須明辨癥候，詳慎組方，靈活用藥。”并創(chuàng)立了治療外感熱性病的“七清三解、五清五解、三清七解（即清理與解表藥味之比例為7：3、5：5、3：7）諸法。