大報(bào)恩寺的修造，由鄭和等人擔(dān)任監(jiān)工官。大報(bào)恩寺在永樂(lè)、宣德年間建造，正值鄭和率領(lǐng)下西洋船隊(duì)多次遠(yuǎn)洋海外之時(shí)，因而，鄭和對(duì)這項(xiàng)工程難以全力照顧，工程進(jìn)展緩慢，弊端展現(xiàn)。為此，1428年(宣德三年)，明宣宗朱瞻基特下御敕，要此時(shí)已出洋回國(guó)任南京守備的鄭和"即將未完處，用心提督"，限期完工?？⒐ひ院螅嵑瓦€特其從海外帶回的"五谷樹(shù)"、"婆羅樹(shù)"等奇花異木種植在寺內(nèi)。

明代初年至清代前期，大報(bào)恩寺琉璃寶塔作為中國(guó)最具特色的標(biāo)志性建筑物，被稱為"天下第一塔"，更有"中國(guó)之大古董，永樂(lè)之大窯器"之譽(yù)，是當(dāng)時(shí)中外人士游歷金陵的必到之處。嘉靖四十五年(1566年)遭雷火襲擊，天王殿，大殿、觀音殿、畫(huà)廓一百四十余間焚為灰燼;萬(wàn)歷二十八年(1600年)塔心木腐朽，塔頂傾斜，僧人洪恩募捐銀數(shù)千兩使之得以重修。

清順治十八年以后，內(nèi)府及地方均有撥款修繕記載。最后一次是1802年(清嘉慶七年)修復(fù)竣工后，繪塔圖并附志。咸豐四年(1854年)，大報(bào)恩寺塔被毀，關(guān)于被毀的原因有兩種說(shuō)法。一說(shuō)，清軍攻克雨花臺(tái)后，太平軍為防清軍占據(jù)大報(bào)恩寺對(duì)城內(nèi)造成威脅，太平軍先下手為強(qiáng)，遂"用火藥轟之，復(fù)挖空塔座下基地，數(shù)日塔倒，寺遭焚毀"。

另一說(shuō)則是1856年，正逢天京之變，北王韋昌輝因?yàn)閾?dān)心翼王石達(dá)開(kāi)占領(lǐng)城外的琉璃塔，架炮攻擊城內(nèi)，派兵一面在塔下挖地道引爆炸藥，一面用火炮直接轟擊塔身，最終使琉璃塔化作一堆瓦礫，而大報(bào)恩寺的其他建筑也被由此引發(fā)的大火全部燒毀。也有人認(rèn)為是曾國(guó)藩下令炸毀的。