另外一次是禪宗向天臺山逐步滲透而最終導致國清寺易主事件的發(fā)生，禪宗向天臺山的滲透大約始于唐中葉，他們一步步將天臺宗勢力擠出天臺山，最后天臺祖庭國清寺為宋代禪僧真歇清了入主，天臺宗的法脈終于在國清寺中斷了。

更為嚴重的是建炎四年（1130年）宋高宗趙構正式下詔，命令國清寺“易教（指天臺宗）為禪”。后來雖然有性澄湛堂說服元世祖，曾經(jīng)恢復過國清寺天臺祖庭的名義，但卻是短暫的，明太祖上臺后再次下詔要求禪僧曇噩住持國清寺，國清寺重新成為禪院。這樁“易教為禪”的公案一直延續(xù)到近代，1931年才由天臺宗后起高僧諦閑將它徹底翻了過來。