當(dāng)時(shí)鳩摩羅什所在的長(zhǎng)安和慧遠(yuǎn)所在的廬山是最有影響的兩大佛教中心，慧遠(yuǎn)不僅向他致書通好，交流佛教譯本，并派遣弟子前往聽講問道。后來聽說羅什要回本國(guó)，他馬上作書，詳細(xì)詢問佛經(jīng)中數(shù)十條疑問，請(qǐng)鳩摩羅什批釋。羅什一一作答，現(xiàn)存十八章。綜觀慧遠(yuǎn)的學(xué)識(shí)，佛教徒稱佛學(xué)是內(nèi)學(xué)，把儒、玄叫做外道。

慧遠(yuǎn)不僅精研佛學(xué)，而且兼通經(jīng)學(xué)和玄學(xué)，一身兼儒、佛、玄三家。他認(rèn)為儒、佛、玄三家作為統(tǒng)治思想來講，立場(chǎng)基本上是一致的，所以主張“內(nèi)佛外儒，可合而明”，認(rèn)為以佛學(xué)為主，以儒玄為輔，達(dá)到合而為一的目的?；圻h(yuǎn)還極力倡導(dǎo)“彌陀凈土法門”，并創(chuàng)設(shè)蓮社，并最終形成了凈土宗，因此被后世凈土宗僧人推尊為初祖，東林寺也成為我國(guó)佛教凈土宗的發(fā)源地。

慧遠(yuǎn)弟子甚眾，且多為佛門龍象，為佛教的廣泛傳布和發(fā)展做出功德事業(yè)?；圻h(yuǎn)不僅利用他的聲望扶植、資助師兄弟和門人弟子在廬山興建數(shù)以十計(jì)的寺院，還結(jié)交名士、達(dá)官顯要，甚至是農(nóng)民起義軍的領(lǐng)袖人物，利用這些人的權(quán)勢(shì)、聲望等為其佛教事業(yè)服務(wù)，取得了極大的成功。416年，慧遠(yuǎn)卒于廬山東林寺，享年83歲。著名詩人謝靈運(yùn)曾為他寫了一篇碑文《遠(yuǎn)法師誄》。南齊僧人道慧讀了慧遠(yuǎn)的文集，慨然嘆息，恨自己生之晚也，未能親見慧遠(yuǎn)。為了實(shí)現(xiàn)夙愿，他和另一個(gè)僧人智順?biāo)萘髑Ю?，到廬山觀看慧遠(yuǎn)的遺跡，在那里流連了三載才回去。