生光被凌遲處死，妖書案也終于結(jié)案，但有關(guān)妖書案的爭論卻并沒有結(jié)束。生光是否真是案犯在朝野引起了極大的爭議。

有人指出，妖書案的最終定案有如兒戲。據(jù)《先撥志始》記載，參加審訊的御史余懋衡向眾官員宣布，他定罪的依據(jù)是：“昨夢觀音大士說：‘妖書系生光造的。’”在場的人聽了莫不匿笑。此話傳到宮中，神宗也哭笑不得。

沈一貫、朱賡對“妖書”出于生光之手表示懷疑。他們曾就此案向神宗皇帝表示，有關(guān)生光的證據(jù)“空洞繁言，無足推求事實”，“含糊難明”。當然，沈一貫等人的目的是要找出所謂幕后的黑手，也就是郭正域、沈鯉。史載沈一貫的心腹錢夢皋和康丕揚對生光嚴刑逼供，希望他指證郭正域，生光卻對著他們大罵：“死則死耳，奈何教我迎相公（指沈一貫）指，妄引郭侍郎乎！”

刑部尚書蕭大亨想討好神宗，再三誘使生光說出“同謀主使之人”，生光拒不服從，抗言道：“我自為之，誰為主使？”在會審時，蕭大亨甚至把寫好的紙條塞入刑部主事王述古袖中。紙條上寫著：“脫生光而歸罪(郭)正域?！蓖跏龉耪芙^：“獄情不出囚口，出袖中乎？”

還有人說，“妖書”出于武英殿中書舍人趙士楨之手。趙士楨一向慷慨有膽略，“妖書案”發(fā)后，杜門不出。據(jù)說，生光凌遲處死后，趙士楨精神錯亂，屢次夢見生光索命，一病不起。相傳臨死前，他透露了這一秘密。又傳聞，趙士楨臨死時，“肉碎落如磔”。所謂“肉碎落如磔”云云，當然是民間關(guān)于因果報應(yīng)的街談巷議，姑妄聽之。不過，由此也折射出輿論的導向：生光死得冤枉。但誰是妖書真正的作者呢？至今依然是個千古之謎。