但是爭論并沒有就此結束，有人對此不斷提出異議。他們認為，吳承恩作為《西游記》的作者至少有以下幾個疑點：首先是今存吳承恩詩文及其文友的文字中從未提及過他撰寫《西游記》這件事；二是《淮安府志》雖載有吳承恩著《西游記》，但并沒有說明是演義還是稗史；三是清人黃虞稷所著《千頃堂書目》曾把吳承恩著《西游記》列入輿地類著作。因此，一度又有論者重新提出《西游記》是丘處機所作說，或是丘的弟子和傳人所作說。

吳承恩畫像

持相對觀點的學者則針鋒相對地提出，吳承恩作為《西游記》的作者是完全站得住腳的。首先，從成書年代看，《西游記》應在嘉靖初年到萬歷中期，而這正是吳承恩生活和創(chuàng)作的年代；其次，根據《西游記》中大量方言詞和入聲的使用情況來看，作者應操下江官話，這與吳承恩的籍貫相符；第三，從《西游記》的基本行文風格看，作者應是知識博雜、性情詼諧的讀書人，還應有點心高氣傲、郁塞不平的情緒，其身份不會太尊貴，這也正是吳承恩的特征。當然《西游記》中有許多道教內容，兼載有道家的詩句，但作為小說，《西游記》是經過長期演變，最后由文人加工定型的，在這過程中也不排斥曾有道教徒一同參與過修改。

還有學者經過考證，指出《西游記》一書與吳承恩毫無關系，真正的作者應該是明朝嘉靖年間的“青詞宰相”李春芳。而吳承恩只作有《西湖記》，將吳承恩認定為《西游記》的作者，實是因為《西湖記》與《西游記》一字之差，以訛傳訛造成的。他們指出，世德堂本《新刻出像大字官版西游記》卷首刻有“華陽洞天主人?！弊謽?，而李春芳少時曾在江蘇華陽洞讀書，故又號“華陽洞主人”，這是證據之一。